《申报》的创办者英商安纳斯托·美查，1860年到沪，最初从事进出口贸易。后来采纳其买办陈莘庚的建议，于1872年4月30日与另外两个朋友一起筹资创办了《申报》。
1937年11月，上海沦陷后，日方企图控制该报，《申报》拒绝其新闻检查，于1937年12月14日宣布停刊。1938年10月10日，《申报》借美商之名在上海租界复刊。1941年12月8日，日军开进上海公共租界，申报再次停刊。
1945年11月22日《申报》复刊，但完全被国民党CC系控制。1949年5月25日，解放军接管上海苏州河南岸市区，5月28日，中共华东局兼上海市委机关报《解放日报》在申报馆原址上出版第一期。
安纳斯托·美查是英国人，同治初年和他的哥哥来到上海，从事茶叶与布匹生意。约在1862年，他开办了江苏药水厂。不久后，药水生意萧条，他决定改换行业。这时，经人介绍，他注意到《上海新报》作为新式报纸，独家经营，销路较好，利润也比较丰厚。于是他与朋友伍特华、蒋莱亚、麦基洛商量，决定办报。就这样，3人各出资白银400两，在汉口路西设立了报馆，由美查担负报馆全责。1872年4月30日，《申报》正式创刊。先定名为《申江新报》，习惯称为《申报》，后径直改为《申报》。
美查创办的这份报纸以赢利为目的，是中国新闻史上第一家商业性报纸，始终面对市场，同当时很多报纸开展了竞争。除改进内容以吸引读者、增加订户外，主要采取市场手段来击败对方。如《上海新报》当时每张销售30文，《申报》则不惜亏本，降价到每张只售8文。《上海新报》就只得忍痛同样降价，终因成本高于《申报》，亏损过大，难于坚持，不得不宣告竞争失败。《申报》经过17年发展，到1889年《申报》改组为美查有限公司时累积资本已达30万两，是筹办时的187.5倍。《申报》成为当时全国规模最大、销售数量最多的新闻纸。
美查主持《申报》，按照市场原则操作，完全依据读者需要，适销对路，扩大发行，他没有接受政府津贴，也不接受任何集团支持。这是一种近代自由办报精神的体现，更是对西方新闻自由理论的实践。这是一种新式的报纸，它着重强调报纸的首要职能是传事，即传播新闻。美查认为中国“邸报之作成于上，新报之作成于下”；作为新报宜强调报纸的民间色彩，要面向下，即农工商贾，不能仅仅只面向上，即只传朝廷之事，而要传闾里之琐屑，关心现实的世俗人生，广传新闻。正因《申报》坚持这种新闻本位的职业精神，在办报上，把及时全面、客观公正地报道新闻放在了首要位置上。在报道内容上，除抄录京报的谕旨、奏折、宫门抄之外，开始在报纸上刊载社会新闻，有谈狐说鬼之作，亦有对当时案件如“杨月楼案”、“杨乃武案”的报道，既为酒后谈资，又能增长见识，能根据受众的接受心理及时报道热点新闻。如当时文人学士看重科举，殿试发榜时翘首京城，在天津至上海的电报线路开通以后，每逢殿试结果在京城一公布，《申报》的采访员就会快马加鞭赶至天津，将消息发往上海，使上海为之轰动。
在报道新闻的观念上，《申报》作为一份商业报纸，尽量采取不偏不倚、客观中立的立场。如在中法战争中，当时上海各报为迎合读者情绪，大多讳败为胜。为了及时客观地报道新闻，满足读者快速、真实了解战事的需求，《申报》主办人美查聘用了一个俄国人担任采访员前往越南前线，这是我国第一次派往外国的军事记者，这名俄国人从西贡用电报发往香港，再由厦门转上海，在《申报》上刊登消息。由于报道了失败的真实消息，开始时，人们对《申报》进行猛烈攻击，认为这一报纸是站在法国人的立场上，一时成为众矢之的。但事后败讯得到了证实，《申报》的声誉转隆。特别是在1873年，轰动一时的“杨乃武案”发生，历时近4年之久，上海人无不关注。案情复杂，各报的采访阻力重重。当时“余杭县令以为案无可疑……官场诸人亦以为铁案如山，无可平反”。浙江省的官场也对前来采访的《申报》访员进行阻止，并对报纸百般刁难。《申报》排除干扰，顶住压力，不仅派访员深入余杭、杭州等地采访，了解情况，而且在该案移送刑部后，还派专人到北京进行现场采访，不断将案件真相向社会披露。应该说，《申报》以真实报道此案为新闻目的，但反过来，对此案的跟踪报道却促进了问题的解决，在近代报业中第一次有力地发挥了舆论监督的作用。
美查的这种公正中立的办报观念，影响了后来的中国报界巨子史量才。1912年秋天，在社会急剧转型之际，32岁的史量才得到张謇等实业家的支持，以12万元从席子佩手里买下了已有40年历史的《申报》，从此踏上办报之路，开创了一生的事业。正是他将《申报》发扬光大，发展成中国影响最大的报纸之一，在百年报业史上放射出夺目的异彩。黄远生、邵飘萍、戈公振、俞颂华等著名记者、编辑都先后在《申报》工作过。从1912年的发行7000份，5年后(1917年)达到两万份，此后稳步上升，1920年是3万份，1925年突破10万份，1926年突破14万份，1932年超过15万份，创造了《申报》的黄金时代。
1920年，史量才在接待美国密苏里新闻学院院长、世界报界大会会长威廉博士和美国新闻家、万国报界联合会新闻调查委员会委员长格拉士一行的招待会上说，“虽七年来政潮澎湃”，《申报》的宗旨从未改变，“报馆应有独立之精神”与本报宗旨正好符合。他郑重表示自己“誓守此志，办报一年，即实行此志一年也”。《申报》的宗旨明确宣告“无党无偏、言论自由、为民喉舌”。“独立之精神”、“无偏无党”、“服务社会”是他办报思想的核心。他生前把世界幸福寄托在完全独立的报纸上，包括经济上的独立，不接受任何政治势力、军阀的津贴，政治上的自主，不听命于任何一个政治集团，不受官方或军阀操纵。“国有国格，报有报格，人有人格”，是史量才掷地有声的誓言。他认为“报纸是民众喉舌，除了特别势力的压迫以外，总要为人民说些话，才站得住脚”。史量才办《申报》22年，始终贯穿着他对报纸独立品格的追求，并以他的办报思想和报业实践，丰富和提升了中国新闻史。
1927年4月13日，《申报》详细报道了“四一二”惨案的真相，为历史留下了可信的实录。国民党政权在血泊中浮起，试图保持独立发言地位的报纸面临着新的更为严峻的考验，新闻自由首先遭遇了国民党的检查，从此“开天窗”抗议成了家常便饭。仅1930年2月至10月，《申报》就开了9次天窗。在那样的年头，《申报》却成为望平街(上海“新闻一条街”)上唯一拒绝国民党官方派员进驻的报纸。史量才的理由是《申报》从未接受政府分文津贴，没有接受派员的必要。蒋介石曾约他进行了一次威胁性的谈话，蒋介石说:“把我搞火了，我手下有一百万兵。”史量才冷冷地回答说:“我手下有一百万读者。”1934年11月13日，国民党军统特务将史量才暗杀于从杭州回到上海的路上。史量才被杀后，中国不少民营报纸继承了他的办报宗旨，如《大公报》同样以“不党、不私、不盲、不卖”为精神，创下了同《申报》相当的业绩。这种精神与美查的自由办报精神一脉相承。自美查创办《申报》以后，该报经历了清末、民国至1949年上海解放，从其所有者来看，经历了美查时期、席子佩时期、史量才时期及后史量才时期，这种精神一直存在，使得该报成为新中国成立前近现代报纸中历史最为悠久的报纸，记载了我国近一个世纪的朝代更迭和风云变幻。
1949年5月27日，《申报》在出至2559号后停刊，28日在报馆原址上，上海市委的机关报《解放日报》开始出版发行。
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