1937年7月28日，宋哲元从北平撤到保定。报到后，宋哲元被任命为第一战区(正、副司令长官是蒋介石、程潜)第一集团军司令，二十九军各师也随之升格(三十七师升格为七十七军，冯治安为军长；三十八师升格为五十九军，宋哲元兼任军长，由李文田代理；一四三师升格为六十八军，刘汝明任军长)。宋又到马厂收拢二十九军撤出的部队，此时他已经出现头晕、站立不稳的情况，只好坐着，召见各旅旅长点名，当点到阮玄武没来报到时，宋哲元说了一声“丢人呐”，后来由冯治安代为完成此项任务。不久，宋哲元发表《告二十九军官兵书》，指出“我不杀敌，敌必杀我”。鼓舞全军将士奋勇杀敌，对全国人民表示了抗日的决心。后宋率领二十九军与日军矶谷师团战斗，撤至桑园(今吴桥县城)，抵山东地界，韩复榘部八十一师师长兼鲁北专员展书堂以“保境安民”为由拒绝二十九军入境。后部队转入山东临清管界，韩复榘部六十旅旅长赵仁泉不许二十九军借道，这时又出现了三十八师个别旅可能哗变的情况。后宋撤退到大名，又遇上了大名失守，负责守城的何基沣自戕受伤，这使已抱病的宋哲元心力交瘁，病情加重，但他仍拖着带病之躯，带领二十九军由道口、新乡、焦作、获嘉，最后退到豫晋边境。
1938年正月，宋哲元转到河南信阳，后又退至山西境内。随行的多是高级幕僚，有秘书长王式九、前北平市长秦德纯、前河北高等法院院长邓哲熙等。刚离开信阳，日机跟踪而来，一天早上，又遇日机多架来袭，宋哲元穿着睡衣，被人从床上拉出来，霎时间连他刚睡过的床也被炸飞了。宋哲元身体愈来愈差，血压升高，又因他不信西医只吃中药，治疗效果不明显，此时已不能长时间站立着说话。在得到第一战区司令长官程潜同意后，宋哲元将军队指挥权交由冯治安负责，由其带领二十九军继续抗战。宋率领幕僚渡河到了郑州。
宋哲元到郑州后，军事委员会就明令取消了第一集团军的番号，任命宋为第一战区副司令长官。在郑州住了几个月后，俞飞鹏来郑，宋哲元遂同俞一块儿到汉口见蒋介石。蒋介石请宋哲元吃饭，宋哲元到了之后坐在椅子上，说自己不能吃饭，蒋介石以为宋哲元吃不惯米饭，吩咐换馒头，但宋说馒头也不能吃了。这时蒋介石才发现宋哲元的舌头僵直，嘴也歪了，于是安慰他，同意他离军养病。
宋哲元到南岳休养。虽身在后方，却心系抗日前线，纵不能到前线与敌厮杀，唯撰写抗日文章抒发未酬壮志。他曾在衡山麻姑桥边的石壁上刻“不教胡马度衡山”一行大字，表达自己对日寇疯狂入侵的无比愤慨。并在旁边刻“卧虎”二字，其寓意为卧虎藏林，他以“卧虎”自比，养精蓄锐，期待重返战场，逞威有日。另外，他又念起昔日的战友佟麟阁和赵登禹。为了纪念两位在南苑抗战牺牲的亲密战友，1938年10月，宋哲元在南岳修建“双忠亭”，并立碑，用毛笔亲手撰写碑铭。
1938年秋，宋哲元到广西阳朔，派秦德纯到重庆见蒋介石，辞去第一战区副司令长官，蒋任命宋为军事委员会委员，设一秘书、一参谋、一副官和四个卫士，每月经费3000多元。此时的宋哲元已经没有实际的政治权力，而且病情加重，但他仍能分辨是非。如石友三在濮阳一带盘踞，不听从中央指挥，且与日本军方勾勾搭搭，宋作为其老上级，打电报劝他服从中央，不可自作主张，更不能与日本军方勾结。再如汪精卫由重庆到上海，投降日本，沦为汉奸时，宋哲元打电报给蒋介石，极为愤慨，说这是叛国投敌。
宋哲元侍母至孝，1939年春，他搬至灌县养病，十分想念远在天津沦陷区的老母亲。游青城山时，他在山下买了一根拐棍，刻上一首诗:“前岁辞亲日，中原板荡秋。敢轻离老母，无奈赋同仇。但愿常服侍，羞看此杖头。待儿归去后，常伴我娘游。”并刻上自己的乳名“湿”，托人带给母亲。宋母见后，知道是儿子送来的，非常珍爱，从此这根拐棍从未离开过宋母身边，直至死后随葬。
宋哲元到四川后，想要重返战场，继续抗日，但蒋介石对他态度极为冷淡，只是让其安心养病。后来，蒋介石在成都召开军事会议，所有的军事首长都参加，却没邀请住在灌县的宋哲元参加。宋因蒋的冷落很受刺激，病情加重。家人请中医针灸，给他服中药，但是并未治好，他的病已经入肝脏。
1940年灯节后，宋哲元带领家人、部下到绵阳，此时宋的身体、精神都大不如从前。阳历二月的绵阳，仍然十分寒冷。一天宋哲元腹泻，半夜起身到外面如厕，受了风寒，引发旧病吐血，之后身体状况越来越差。在病重期间，他仍不忘抗战，发出的呓语也是抗战。1940年4月5日，病逝绵阳，终年55岁。
宋哲元死后，各方吊唁，国民政府追赠他为一级上将。
蒋介石以军事委员会主席的名义亲笔题写了挽联:
砥柱峙中流终仗威稜慑骄虏；星芒寒五丈不堪殄瘁恸元良。冯玉祥为他亲题墓碑，并抚棺大恸说:“明轩身后太萧条，他真正做到了岳武穆所说的文官不爱钱，武官不怕死……”并赠送“乾坤正气”挽幛:
共患难三十年直如左右手自长城战役挫敌峰铁铮铮同服有胆；
抱疾疚一二载曾作奋斗思闻西蜀电函告噩耗天梦梦莫名伤心。
卅载故交相期报国；一生革命未尝后人。中共中央副主席周恩来亦亲笔题写挽联:
失地收未回虎威昭垂卢沟月；绵阳惊不起鹃声啼破锦江春。第十八集团军总司令朱德、副总司令彭德怀亦题挽联:
一战一和当年变生瞬间能大白于天下；再接再厉后起大有人在应无忧乎九泉。2002年，宋哲元的故乡山东省乐陵市为他立了铜像。2005年9月3日，国家主席胡锦涛在人民大会堂赠予宋哲元亲属抗日英雄纪念章。
宋哲元为后人留下了两份遗产:一份是1937年宋哲元用给母亲做寿的三万元交给北平市政府，在天桥附近购买土地，盖了140间平民住宅，廉价租给穷苦人居住，创地方官员给穷苦百姓建廉租房之始；另一份是宋在1933年在河北省遵化石门镇买了五十八亩半土地，为长城抗战烈士修筑了烈士陵园并立碑纪念，现为唐山市管文物保护单位。（李惠兰）
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