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找出病原，确定传播途径
伍连德发现病原的办法和耶尔森、北里在香港大鼠疫期间的方法是一样的，就是在病死者尸体上找到鼠疫杆菌，证明病人死于鼠疫，也就证明流行的是鼠疫。
在鼠疫流行期间，北里团队在东三省各地解剖了6万多只老鼠，并没有发现一例携带鼠疫杆菌，他在寻找的是由老鼠传播的鼠疫。如果在东北大鼠疫之前，北里是会成功的，因为老鼠在之前的鼠疫中确实扮演了传播的角色。但东北大鼠疫是一种新型的、通过呼吸道传播的肺鼠疫，不通过老鼠传播。北里犯了先入为主的错误，先假设了传播途径，然后再去证实。
而伍连德则从微生物学临床实践出发，先从病人入手，找出病原之后再确定传播途径，发现这场鼠疫是通过密切接触传播的，因此能够破除成规，采取正确的防疫措施。
迈锡尼的错误在于墨守成规，因为在孟买大鼠疫和唐山鼠疫中都是靠灭鼠来达到控制鼠疫的目的的，他不相信鼠疫能够通过密切接触和呼吸道传播，也因此染上鼠疫而殉职。
伍连德在东北大鼠疫病原学调查上所体现出的科学思想和正确方法，为有效控制鼠疫的传播奠定了基础。
历史上第一次隔离措施
确定病原和传播途径后，伍连德采取的防疫措施就是被后世效仿的隔离法。
用隔离预防传染病并非伍连德所创，在黑死病流行时就采用了隔离手段。东北大鼠疫发生的几年前，旧金山鼠疫期间，有关当局认为鼠疫是中国移民带来的，于是将全城的中国人隔离起来，但还是无法控制鼠疫流行，后来才发现是老鼠传播的。
伍连德在东北大鼠疫时采取的隔离法是历史上第一次科学地将病人和疫区隔离起来，以达到控制和消灭传染病流行的大规模尝试。
伍连德采取的隔离法分两部分:一是将鼠疫病人、疑似病人及密切接触者隔离起来；二是将流行中心哈尔滨傅家甸和外界隔断。这样不仅隔离了病人，同时将潜在的病人也隔离起来。
各级政府对于这个隔离方案没有异议，为了保证鼠疫不扩散，是可以用牺牲傅家甸两万多人为代价的，伍连德完全可以下令彻底封锁傅家甸，任其自生自灭，也算是用较小的代价换取控制鼠疫的成功。但他并没有这样做，而是把防疫委员会总部也设在傅家甸，与疫区人民同生死共患难，并由官府提供所有的费用，负责该区两万多居民的生活。
半日之间，傅家甸两万多居民与外界完全隔绝，哈尔滨的俄国人居住区和东北其他疫区也相继效仿。为了消灭鼠疫的感染源，伍连德力主焚烧鼠疫病死者尸体，此举有违入土为安的传统，引起了不小的风波，清政府为了大局，下特旨予以批准，此举导致整个北中国掀起了一场用现代科学来抗击鼠疫的运动。
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