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找出病原，確定傳播途徑
伍連德發現病原的辦法和耶爾森、北裡在香港大鼠疫期間的方法是一樣的，就是在病死者尸體上找到鼠疫杆菌，証明病人死於鼠疫，也就証明流行的是鼠疫。
在鼠疫流行期間，北裡團隊在東三省各地解剖了6萬多隻老鼠，並沒有發現一例攜帶鼠疫杆菌，他在尋找的是由老鼠傳播的鼠疫。如果在東北大鼠疫之前，北裡是會成功的，因為老鼠在之前的鼠疫中確實扮演了傳播的角色。但東北大鼠疫是一種新型的、通過呼吸道傳播的肺鼠疫，不通過老鼠傳播。北裡犯了先入為主的錯誤，先假設了傳播途徑，然后再去証實。
而伍連德則從微生物學臨床實踐出發，先從病人入手，找出病原之后再確定傳播途徑，發現這場鼠疫是通過密切接觸傳播的，因此能夠破除成規，採取正確的防疫措施。
邁錫尼的錯誤在於墨守成規，因為在孟買大鼠疫和唐山鼠疫中都是靠滅鼠來達到控制鼠疫的目的的，他不相信鼠疫能夠通過密切接觸和呼吸道傳播，也因此染上鼠疫而殉職。
伍連德在東北大鼠疫病原學調查上所體現出的科學思想和正確方法，為有效控制鼠疫的傳播奠定了基礎。
歷史上第一次隔離措施
確定病原和傳播途徑后，伍連德採取的防疫措施就是被后世效仿的隔離法。
用隔離預防傳染病並非伍連德所創，在黑死病流行時就採用了隔離手段。東北大鼠疫發生的幾年前，舊金山鼠疫期間，有關當局認為鼠疫是中國移民帶來的，於是將全城的中國人隔離起來，但還是無法控制鼠疫流行，后來才發現是老鼠傳播的。
伍連德在東北大鼠疫時採取的隔離法是歷史上第一次科學地將病人和疫區隔離起來，以達到控制和消滅傳染病流行的大規模嘗試。
伍連德採取的隔離法分兩部分:一是將鼠疫病人、疑似病人及密切接觸者隔離起來﹔二是將流行中心哈爾濱傅家甸和外界隔斷。這樣不僅隔離了病人，同時將潛在的病人也隔離起來。
各級政府對於這個隔離方案沒有異議，為了保証鼠疫不擴散，是可以用犧牲傅家甸兩萬多人為代價的，伍連德完全可以下令徹底封鎖傅家甸，任其自生自滅，也算是用較小的代價換取控制鼠疫的成功。但他並沒有這樣做，而是把防疫委員會總部也設在傅家甸，與疫區人民同生死共患難，並由官府提供所有的費用，負責該區兩萬多居民的生活。
半日之間，傅家甸兩萬多居民與外界完全隔絕，哈爾濱的俄國人居住區和東北其他疫區也相繼效仿。為了消滅鼠疫的感染源，伍連德力主焚燒鼠疫病死者尸體，此舉有違入土為安的傳統，引起了不小的風波，清政府為了大局，下特旨予以批准，此舉導致整個北中國掀起了一場用現代科學來抗擊鼠疫的運動。
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