經費問題浮出水面
北大的“離心”傾向並非僅是出於傳統的“自尊”，而是與諸多實際利益相勾連，譬如財政經費問題。
據梅貽琦日記載述:1941年3月下旬，清華校務會議“決定讓售北大美金三千元”，透露出北大財政吃緊的訊息。
僅僅過了兩天，蔣夢麟與梅氏之間就有如下的談話:“蔣談及研究問題，謂宜由三校分頭推進。余表示贊同。余並言最好請教育部不再以聯大勉強拉在一起，分開之后可請政府多予北大、南開以研究補助，清華可自行籌措，如此則分辦合作更易進展矣”。
看來，兩位校長對於聯合辦學也並不“執著”。隨后，梅貽琦接到教育部次長顧毓琇(一樵)的電報:“謂八十萬美金聯大可分得三萬八千元，同仁聞者大嘩……共商一代電稿，再試一爭，恐或無結果耳”。聯大三校在教育部經費分配中所佔份額比預期的要少許多，教師們難免心有不甘要奮力再爭了，可是梅校長心裡清楚，回旋余地不大。而這更加重了聯大的危機感，梅貽琦的心情此刻決不輕鬆。
一個星期之后，他約請葉企孫、陳岱孫、吳有訓、馬約翰等清華元老及高層便飯，商談“關於聯大與三校關系將來可能之演變問題”，作未雨綢繆之想。其后，梅貽琦又赴玉龍堆3號訪晤南開教授王贛愚、楊石先、陳序經等人，或許也是通報有關的情況亦未可知。
昆明西南聯大上空籠罩著一片烏雲。
教育部提出折中方案
事態發展更有急轉直下之勢。
4月中旬，清華秘書長潘光旦自重慶歸來見梅貽琦，“以蔣(夢麟)校長留渝向教育部商量經費問題所提‘辦法’見示”，梅氏“閱之極為不安，不知應如何對付也”。翌日晚，即“作長信與顧一樵，論蔣所提‘辦法’中困難之點，信中不免牢騷語，實亦心中甚感郁悶，不覺溢於言表耳”。
蔣夢麟此前曾赴渝向教育部提議由清華撥款80萬補助西南聯大，並請求北大預算獨立劃撥。顧毓琇原本清華工學院院長，現居教育部要職，梅貽琦向其“懇切陳詞”，自然也就直言無隱。蔣夢麟此舉蓋屬事出無奈，而清華方面動用基金更是頗感棘手。上一年(1940年)中央大學校長羅家倫在國民黨中央全會上就曾提議:向中華教育文化基金董事會和清華大學各借美金一百萬，“以挽救全國教育危機”，遭到清華教授會的“絕對堅決反對”。此次北大“舊事重提”，清華方面的壓力和反彈可想而知。
數日后，梅貽琦再次召集清華校務會議商討對策:“最后決定二原則:1.倘北大同仁果願另起爐灶，則可三校預算分開，清華對於聯大負其全責﹔2.倘隻令清華向聯大撥出應攤之八十萬，則聯大所多出之八十萬為補助各校研究費者，清華應分得其比例應得之數”。會議還商定由文、理學院院長馮友蘭、吳有訓訪晤代理北大校務的周炳琳(時蔣夢麟到訪香港)，探明北大意向后再作決定。
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