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三师辖15个：十八团（友谊农场，集贤县）、十九团（五九七农场，宝清县）、二十团（八五二农场，宝清县）、二十一团（八五三农场，宝清县）、二十二团（饶河农场，饶河县）、二十三团（八五九农场，饶河县）、二十四团（胜利农场，饶河县）、二十五团（七星农场，富锦县）、二十六团（抚远渔场，抚远县）、二十七团（勤德利农场，同江县）、二十八团（二九一农场，集贤县）、二十九团（集贤农场，双鸭山市）、三十团（万宝农场，桦川县）、三十一团（曙光农场，桦南县）、三十二团（北兴农场，勃力县）。
四师辖12个团：三十三团（八五四农场，虎林县）、三十四团（八五八农场，虎林县）、三十五团（和平农场，虎林县）、三十六团（八五0农场，虎林县）、三十七团（八五六农场，虎林县）、三十八团（农垦部实验场，虎林县）、三十九团（云山农场，虎林县）、四十团（八五一一农场，密山县）、四十一团（八五五农场，密山县）、四十二团（八五七农场，密山县）、四十三团（兴凯湖农场，密山县）、四十四团（八五一〇农场，鸡东县）。
五师辖11个团：四十五团（鹤山农场，嫩江县）、四十六团（跃进农场，嫩江县）、四十七团（大西江农场，嫩江县）、四十八团（铁峰农场，嫩江县）、四十九团（尖山农场，嫩江县）、五十团（前锋农场，嫩江县）、五十一团（荣军农场，嫩江县）、五十二团（旭光农场，嫩江县）、五十三团（红五月农场，嫩江县）、五十四团（克山农场，克山县）、五十五团（查哈阳农场，甘南县）。
六师辖9个团。1969年8月19日六师成立，将原属三师的二十三、二十四、二十五、二十七团和在抚远地区新建的六个团，拨归第六师建制。同时授予新建的6个团番号：即原东方红农场为五十七团，原向阳农场为五十八团，原青龙山农场为五十九团，原前进农场为六十团，原五十七团为六十一团，原红卫农场为六十二团。
兵团直辖团3个：独立一团（嘉荫农场，嘉荫县）、独立二团（铁力农场，铁力县）、独立三团（红色草原农场，安达县）。
黑龙江生产建设兵团成立后，先后对各师团建制进行了调整。 1969年11月24日，兵团决定，原兵团直属独立一团，独立二团划归二师领导，原兵团直属独立三团划归五师领导，原番号不变，从1970年1月1日起执行新的领导关系。同年12月，五十八团内迁至二十一团五营地区，隶属于三师领导。1970年1月，经沈阳军区批准，兵团在原宝山农场组建二十六团（步兵团），在原汤原农场组建六十三团（炮兵团），由兵团直接领导。同年2月13日，兵团决定一师独立四营改编为六十四团（晨清农场，孙吴县），五师五十五团分出部分编为六十七团（金边农场，甘南县），分别隶属于一师和五师领导。5月25日，兵团决定将五师五十五团的二、三、四营编为五十团（丰收农场，甘南县），原五十团所属单位分别并入四十九团和五十一团。
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