经费问题浮出水面
北大的“离心”倾向并非仅是出于传统的“自尊”，而是与诸多实际利益相勾连，譬如财政经费问题。
据梅贻琦日记载述:1941年3月下旬，清华校务会议“决定让售北大美金三千元”，透露出北大财政吃紧的讯息。
仅仅过了两天，蒋梦麟与梅氏之间就有如下的谈话:“蒋谈及研究问题，谓宜由三校分头推进。余表示赞同。余并言最好请教育部不再以联大勉强拉在一起，分开之后可请政府多予北大、南开以研究补助，清华可自行筹措，如此则分办合作更易进展矣”。
看来，两位校长对于联合办学也并不“执着”。随后，梅贻琦接到教育部次长顾毓琇(一樵)的电报:“谓八十万美金联大可分得三万八千元，同仁闻者大哗……共商一代电稿，再试一争，恐或无结果耳”。联大三校在教育部经费分配中所占份额比预期的要少许多，教师们难免心有不甘要奋力再争了，可是梅校长心里清楚，回旋余地不大。而这更加重了联大的危机感，梅贻琦的心情此刻决不轻松。
一个星期之后，他约请叶企孙、陈岱孙、吴有训、马约翰等清华元老及高层便饭，商谈“关于联大与三校关系将来可能之演变问题”，作未雨绸缪之想。其后，梅贻琦又赴玉龙堆3号访晤南开教授王赣愚、杨石先、陈序经等人，或许也是通报有关的情况亦未可知。
昆明西南联大上空笼罩着一片乌云。
教育部提出折中方案
事态发展更有急转直下之势。
4月中旬，清华秘书长潘光旦自重庆归来见梅贻琦，“以蒋(梦麟)校长留渝向教育部商量经费问题所提‘办法’见示”，梅氏“阅之极为不安，不知应如何对付也”。翌日晚，即“作长信与顾一樵，论蒋所提‘办法’中困难之点，信中不免牢骚语，实亦心中甚感郁闷，不觉溢于言表耳”。
蒋梦麟此前曾赴渝向教育部提议由清华拨款80万补助西南联大，并请求北大预算独立划拨。顾毓琇原本清华工学院院长，现居教育部要职，梅贻琦向其“恳切陈词”，自然也就直言无隐。蒋梦麟此举盖属事出无奈，而清华方面动用基金更是颇感棘手。上一年(1940年)中央大学校长罗家伦在国民党中央全会上就曾提议:向中华教育文化基金董事会和清华大学各借美金一百万，“以挽救全国教育危机”，遭到清华教授会的“绝对坚决反对”。此次北大“旧事重提”，清华方面的压力和反弹可想而知。
数日后，梅贻琦再次召集清华校务会议商讨对策:“最后决定二原则:1.倘北大同仁果愿另起炉灶，则可三校预算分开，清华对于联大负其全责；2.倘只令清华向联大拨出应摊之八十万，则联大所多出之八十万为补助各校研究费者，清华应分得其比例应得之数”。会议还商定由文、理学院院长冯友兰、吴有训访晤代理北大校务的周炳琳(时蒋梦麟到访香港)，探明北大意向后再作决定。
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