日俄战争期间，日本以北京为根据地，由青木宣纯联系在华浪人、特务及少量中国人，组织了“特别任务班”。其成员打扮成汉、蒙族人模样，从北京出发，深入中国东北、俄国西伯利亚各地，担负破坏交通、通讯、辎重等任务。
一名幸存的特别任务班第四班成员回忆，他们在执行破坏铁岭、昌图铁路任务时，得到了率军防守中立区的直隶提督马玉崑的帮助。马玉崑为其提供了“大量的炸药”，几千两白银的活动经费，双方还约定了暗号，以便特别任务班成员在遇到危急情况时能遁入清军兵营获得庇护。马还承诺派遣军官协助其招募马贼等。当时，双方对此均讳莫如深，一般东北官员也不知详情，直到三十余年后，事过境迁，关东军和伪满洲国政府对此做了表彰和纪念，客观上揭露了这一秘密。
清政府暗地里对日本的支援，沙俄不可能完全没有察觉。喻大华说，正是沙俄多次对清政府提出的交涉、抗议，让他在研究这段历史时注意到了清政府的真实立场。有意思的是，清政府对沙俄的答复，在多数情况下明显是“装糊涂”甚至耍赖。
1904年5月7日，俄军指责“兴京厅以南所扎之华队随同日人攻打俄人。”清政府自然极力否认，而且反诘：“兴京厅以南驻扎之华队，究系某县所属，是何地名，带队官是何姓名，所带人数若干？”“须有确实凭证，不得以疑虑揣度之事，笼统言之。”
1904年12月28日，俄国公使向清政府外务部发出照会：“十一月十八日在太平岭有日军二百名并华人三百与俄军攻击，该华人编队身穿号衣，上有中国团练第一、二、三之百人队字样，并在战场留尸七具为证。”这个说法算得上言之凿凿，清政府指定奉天当局调查，结果干脆以“遍查宽甸境内，并无太平岭地名”回复。
日俄战争期间，沙俄也没有真正尊重过清政府的“中立”，本该受“中立”保障的东北人民生命财产不断遭其荼毒。沙俄意见最大的招募华人助战，其实也是他们的手段。比如后来成为“东北王”的张作霖，日俄战争开始时就是先投靠在沙俄一方，然后又转投日本。
清政府没有恪守“中立”，日俄也未尊重“中立”，三国两方互相指责、警告，但又很默契地配合着，将清政府的“中立”戏演到战争结束。
命不由己
日俄战争持续了一年半之久，规模之大，伤亡之惨，均为历史罕见。
俄国遭遇了一系列的惨败，伤亡达14万余人，太平洋舰队、波罗的海舰队几被全歼。日本倾举国之力为战，陆军13个师团全部投入战场，战争中一度修改了征兵令，服役年龄延至37岁，动员能力已近极限。虽然胜利堪称辉煌，却也付出了阵亡8.44万人、伤14.3万人的惨烈代价。在返国后的祝捷会上，日军指挥官乃木希典面对民众，留下了一句沉重的名言：“吾乃杀乃兄乃父之乃木是也。”
1905年8月，在美国的调停下，均已精疲力竭的日俄开始和谈。9月5日，双方达成《朴茨茅斯条约》，日俄战争宣告结束。
在战争中宣布“中立”的清政府提出过参加谈判的要求，却被日俄拒之门外。
中国东北惨遭兵燹之灾，2万中国人死于战火，财产损失折银6900万两，却连参加谈判的资格都没有换来，只能坐等日俄将自己的躯体重新分割。
《朴茨茅斯条约》规定，中国的旅顺、大连及其附近的领土领水的租借权，由俄国让与日本，南满铁路(由长春宽城子到旅顺)的一切权利，让与日本。由于《条约》中说明，这些规定“须商请中国政府承诺”，1905年11月，日本外务大臣小村寿太郎和驻华公使内田康哉即作为全权代表来华谈判。
面对清政府时，日本要求的就不仅是《朴茨茅斯条约》当中的内容了。日本谈判代表列出了十一条谈判大纲，除了第六条是要求按照《朴茨茅斯条约》继承俄国在南满的权利外，其余条款均是狮子大开口，索取额外利益。
清政府的谈判代表为庆亲王奕劻、袁世凯和军机大臣兼外务部大臣瞿鸿禨。庆亲王以“年老事冗”为由，常因病缺席，瞿鸿禨不熟外交及国际局势，中日间的谈判实际由袁世凯与会办东三省事宜大臣唐绍仪担负主要责任。
经过一个多月的讨价还价，清政府和日本最终签订了《会议东三省事宜条约》。对这份条约的影响和袁世凯在谈判中起到的作用，史学界有着争论激烈的评判。
一些学者认为，《会议东三省事宜条约》是个不折不扣的卖国条约。《朴茨茅斯条约》没有规定的一系列权益，被袁世凯拱手送给日本，如：在安东、沈阳、营口开辟日本“租界”，开辟长春、哈尔滨等十六处为通商商埠，开办中日木殖公司，在鸭绿江右岸采伐木材，日本享有改良安奉铁路及15年的铁路经营权等等。
另一方则认为，中日双方在《会议东三省事宜条约》中都有妥协，以袁世凯为首的中国代表为恢复行使我国在东北的主权，力所能及地抵制了日本掠夺新的政治要求。日本在《朴茨茅斯条约》之外增加的涉及中国主权的政治性要求全部被删去，比如“中国政府非经日本国应允不得将东三省地土让给别国或允其占领”等。
据当时参与谈判的曹汝霖回忆，中日谈判结束后，日本全权代表小村即向他表达了不满情绪：“此次我抱有绝大希望而来，故会议时竭力让步，我以为袁宫保必有远大见识眼光……不意袁宫保过于保守，会议时咬文嚼字，斤斤计较，徒费光阴，不从大处着想……”
无论今人怎样评价《会议东三省事宜条约》和袁世凯，一个不争的事实是，在《朴茨茅斯条约》之外，日本又从中国的躯体上撕咬下更多的血肉。清政府未必感觉不到切肤之痛，但为了换取《朴茨茅斯条约》的执行，只能割肉饲虎。
喻大华说，以得失大局衡量，清政府最看重的主权和领土在《朴茨茅斯条约》中得到确认，接受这份《条约》对清政府算是个差强人意的结果。“当然，即使再不满意，清政府也没别的选择。”
而《朴茨茅斯条约》对中国主权和领土的确认只是名义上的，其实质的结果是从沙俄一家独占东北，变成日俄分而食之。日本的侵略铁蹄自此踏上了中国大陆。在此后四十年中，它成了中国最凶狠、贪婪的侵略者。
日俄战争的大幕落下，这场战争对当事三国的影响却远远没有结束。
沙俄国内矛盾加剧，很快爆发了1905年革命，工人阶级和布尔什维克登上历史舞台。列宁曾说：没有1905年的“总演习”，就不可能有1917年10月革命的胜利。
满清统治者勉强保住了自己的“龙兴之地”，却没能守住自己的封建王权，仅仅六年之后，王朝倾覆。
日本进入中国东北，大陆政策一步步实施，在军国主义的道路上越走越远。从沙俄手中抢来的南满铁路，滋养了更大的野心。“柳条湖事件”“九一八事变”，这条铁道线上事端频起，遗祸无穷。（记者 董少东）
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