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三師轄15個：十八團（友誼農場，集賢縣）、十九團（五九七農場，寶清縣）、二十團（八五二農場，寶清縣）、二十一團（八五三農場，寶清縣）、二十二團（饒河農場，饒河縣）、二十三團（八五九農場，饒河縣）、二十四團（勝利農場，饒河縣）、二十五團（七星農場，富錦縣）、二十六團（撫遠漁場，撫遠縣）、二十七團（勤德利農場，同江縣）、二十八團（二九一農場，集賢縣）、二十九團（集賢農場，雙鴨山市）、三十團（萬寶農場，樺川縣）、三十一團（曙光農場，樺南縣）、三十二團（北興農場，勃力縣）。
四師轄12個團：三十三團（八五四農場，虎林縣）、三十四團（八五八農場，虎林縣）、三十五團（和平農場，虎林縣）、三十六團（八五0農場，虎林縣）、三十七團（八五六農場，虎林縣）、三十八團（農墾部實驗場，虎林縣）、三十九團（雲山農場，虎林縣）、四十團（八五一一農場，密山縣）、四十一團（八五五農場，密山縣）、四十二團（八五七農場，密山縣）、四十三團（興凱湖農場，密山縣）、四十四團（八五一〇農場，雞東縣）。
五師轄11個團：四十五團（鶴山農場，嫩江縣）、四十六團（躍進農場，嫩江縣）、四十七團（大西江農場，嫩江縣）、四十八團（鐵峰農場，嫩江縣）、四十九團（尖山農場，嫩江縣）、五十團（前鋒農場，嫩江縣）、五十一團（榮軍農場，嫩江縣）、五十二團（旭光農場，嫩江縣）、五十三團（紅五月農場，嫩江縣）、五十四團（克山農場，克山縣）、五十五團（查哈陽農場，甘南縣）。
六師轄9個團。1969年8月19日六師成立，將原屬三師的二十三、二十四、二十五、二十七團和在撫遠地區新建的六個團，撥歸第六師建制。同時授予新建的6個團番號：即原東方紅農場為五十七團，原向陽農場為五十八團，原青龍山農場為五十九團，原前進農場為六十團，原五十七團為六十一團，原紅衛農場為六十二團。
兵團直轄團3個：獨立一團（嘉蔭農場，嘉蔭縣）、獨立二團（鐵力農場，鐵力縣）、獨立三團（紅色草原農場，安達縣）。
黑龍江生產建設兵團成立后，先后對各師團建制進行了調整。 1969年11月24日，兵團決定，原兵團直屬獨立一團，獨立二團劃歸二師領導，原兵團直屬獨立三團劃歸五師領導，原番號不變，從1970年1月1日起執行新的領導關系。同年12月，五十八團內遷至二十一團五營地區，隸屬於三師領導。1970年1月，經沈陽軍區批准，兵團在原寶山農場組建二十六團（步兵團），在原湯原農場組建六十三團（炮兵團），由兵團直接領導。同年2月13日，兵團決定一師獨立四營改編為六十四團（晨清農場，孫吳縣），五師五十五團分出部分編為六十七團（金邊農場，甘南縣），分別隸屬於一師和五師領導。5月25日，兵團決定將五師五十五團的二、三、四營編為五十團（豐收農場，甘南縣），原五十團所屬單位分別並入四十九團和五十一團。
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