平反昭雪大案重案
在黨中央、特別是鄧小平、陳雲的領導和支持下，胡耀邦在整個平反冤假錯案中，特別注重重大案件的昭雪平反，他深知這些案件影響之大，涉及面之廣，真可謂“牽一發而動全身”。經過他與堅持“兩個凡是”的人一系列針鋒相對的斗爭，“兩個不管”越來越深入人心，當時的黨中央副主席不得不把中央專案組一、三辦管的“大案、重案”全部轉交中組部重新審查。
推動為劉少奇平反
胡耀邦到中組部上任后，一天中午，到大食堂和大家共進午餐，他走到干審局副局長賈素萍旁坐下，問道：“你們認為劉少奇的問題怎麼樣？”
“我們認為是大冤案，應當平反昭雪。”賈素萍回答。
胡耀邦又問：“你們敢不敢向華國鋒主席提出意見？”
賈素萍回答：“那有什麼不敢！”
經過一段時間，在胡耀邦的組織下，一份建議為劉少奇平反的報告送到了黨中央和華國鋒的手上。后來中央在1979年3月19日作出決定，由中央紀律檢查委員會和中央組織部對劉少奇一案進行復查。
在鄧小平、陳雲等同志的主持下，中央以十分嚴肅負責的態度，通過中紀委、中組部組織的調查和深入細致的復查，終於逐一澄清了林彪、江青、康生等人強加給劉少奇的種種莫須有的罪名，還歷史以本來面目。
中共十一屆五中全會后，公開宣布了復查結果與決議內容，鄭重為“文革”最大冤案——劉少奇平反。
根據中紀委和中央組織部的復查結果，十一屆五中全會認為，原審查報告給劉少奇強加的“叛徒、內奸、工賊”三大罪狀，以及其他各種罪名，完全是林彪、江青、康生、陳伯達一伙的蓄意陷害。八屆十二中全會據此作出“把劉少奇永遠開除出黨，撤銷其黨內外的一切職務”的決議是錯誤的。
劉少奇是偉大的馬克思主義者，是為共產主義奮斗終生的無產階級革命家。幾十年來，他作為黨和國家卓越的主要領導人之一，對我黨的建設，對我國民主革命、社會主義革命與社會主義建設，都有不可磨滅的功績。他對黨和人民的事業是忠誠的。他把畢生精力貢獻給了我國的無產階級革命和建設事業。
過去對於劉少奇的污蔑、誣陷、偽造的材料以及一切不實之詞都應完全推倒。為此，十一屆五中全會特作如下決議：
（一）撤銷中發﹝68﹞152號文件中強加給劉少奇的罪名和對他的處理決議，相應地撤銷中發﹝68﹞155號文件（即原審查報告）。恢復劉少奇作為偉大的馬克思主義者和無產階級革命家、黨和國家的主要領導人之一的名譽。
（二）在適當時間，由中共中央商同全國人大常委會，為前中共中央副主席、中華人民共和國主席劉少奇舉行追悼會。
（三）過去因劉少奇問題受株連的人和事，都應當由有關主管部門實事求是地進行復查和澄清，凡屬冤假錯案，一律予以平反。
（四）中央這個決議和附件，發至基層黨支部，並按照先黨內、后黨外的步驟，傳達到全體黨員和全國人民群眾，以消除過去對劉少奇的錯誤處理所造成的影響。
全國因劉少奇冤案受株連的數百萬人，從中央到地方許多領導干部的冤假錯案都有所謂“執行劉少奇的資產階級反動路線”、“執行劉少奇反革命修正主義路線”、“劉少奇資產階級司令部在地方的代表人物”等等。通過劉少奇這個在全國影響最大冤案的平反，使廣大干部的思想進一步解放，平反糾正了數萬人因劉少奇冤案受株連的案件，同時也推動了其他歷史遺留冤假錯案的平反昭雪。
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