在密蘇裡艦上，商震（后）陪同徐永昌接受日本無條件投降
抗戰期間，商震任第六戰區司令長官、中國駐美國軍事代表團團長、軍委會辦公廳主任、緬甸軍事考察團團長等職，曾隨蔣介石出席開羅會議，並陪同徐永昌將軍在密蘇裡號上接受日本投降。1947至1949年，商震任同盟國對日管理委員會中國代表兼駐日代表團團長，為審判日本戰犯做了大量工作。
反對“霸權主義”
在東京審判之前，商震提出了引渡日本侵略中國的華中派遣軍總司令鬆井石根、第59軍司令官谷壽夫、731部隊長石井四郎、首任侵華日軍總司令西尾壽造、第二任侵華日軍總司令畑俊六的要求。同時要求立即逮捕並引渡第三任侵華日軍總司令岡村寧次，逮捕並引渡侵華日軍第六方面軍總司令岡部直三郎、駐華北日軍總司令多田駿、第23軍司令官酒井隆等。
但麥克阿瑟卻提出了由美國單獨審判的提議，對此，商震和梅汝璈堅決反對。他們聯合蘇聯、英國、法國等國代表團寫了致同盟國戰爭犯罪調查委員會和遠東委員會的報告，其中反對美國獨吞抗戰勝利果實的霸權主義的提法出自商震之口，受到一致稱贊。
商震則謙虛地說，“霸權主義”不是他的創造，“霸權”二字最早出現在希臘歷史書中，原指大城邦對一些小城邦的控制。他覺得用它反對強國欺侮、壓迫和支配小國、弱國，妄圖在世界上稱霸很合適，再加上“主義”二字，有把它當做系統理論和主張看待的意思，不知是否合適。
商震的做法得到多國代表團成員的大力支持，美國單獨進行審判的做法受到世界各國輿論的強烈譴責。麥克阿瑟為迫使商震改變態度，就向蔣介石告狀。當蔣介石向商震問起此事時，商震巧妙地回答蔣介石說：“委座的訓示我並沒有忘記，只是中國作為四大列強之一，在麥克阿瑟將軍提出日本戰犯由美國單獨審判這樣的大是大非問題上，站在其他代表團意見一邊，顯示異議。”
在各國輿論的壓力下，美國隻得放棄了單獨審判的主張。
引渡山田乙三
當時，有四個國家都提出要引渡戰犯山田乙三，而中國駐日軍事代表團團長商震提供的山田乙三罪行証據最為確鑿。據此，商震根據盟軍最高總司令麥克阿瑟關於受害最重的國家優先引渡的原則，說明中國對山田乙三享有無可爭辯的引渡理由。
麥克阿瑟則主張在菲律賓的馬尼拉設立四國軍事法庭，由中國法官擔任首席檢察官，但商震對此表示拒絕。麥克阿瑟又說，山田乙三由哪一個國家引渡，都是為了伸張正義，維護和平，鏟除日本軍國主義，如果實在不好分配，就改用最原始的抽簽方式。而英國代表團團長巴特斯克則認為，按理應中國引渡山田乙三，再一個辦法是把山田乙三改為甲級戰犯，由東京法庭審判。對此，麥克阿瑟又提出：東京法庭的甲級戰犯已達46人，大大超過了紐堡倫法庭30名甲級戰犯的前例。經過一番爭論，最后商震等人同意抽簽決定。
麥克阿瑟命人做好紙條后，請商震先抽。結果商震一下抽中了山田乙三。這讓麥克阿瑟也無可奈何，隻得召集除蘇聯之外的10國駐日軍事代表團團長會議，宣布第一批引渡名單（共185人），中國和美國各20人，其他各國分別為15人、12人、8人、7人不等，泰國最少，為兩人。
這時，商震得到梅汝璈的消息說：他從檢察長基南的漢語翻譯郎格蘭那裡獲悉，美國第一批引渡的乙丙級日本戰犯，已經從20人增加到45人。
商震急忙與蘇聯、英國等駐日軍事代表團團長商量對策，決定請與美國關系最好的英國代表團團長巴特斯克先去找麥克阿瑟交涉，其他國家的團長也隨后趕去找麥克阿瑟要求增加引渡名額。
麥克阿瑟見事已曝光，隻得答應中國、英國、法國、澳大利亞、新西蘭、菲律賓各增加引渡12名，印度、加拿大各增加5名，荷蘭增加兩名﹔並說，對其余的在押戰犯，經預審之后，凡是能夠確定為乙丙級戰犯的，一律引渡到各國受審。
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