中国科学院
1975年6月，邓小平把精力转向重整中国的科学事业。“文革”期间，在汇聚了大量高级科学家的中国科学院，每250个科学家中就有一人被迫害致死；中科院上海分院的每150人中有一人死于非命。即使在社会上少数仍然维持运转的研究机构中，科研工作也受到极大的干扰。在“文革”前夕的1965年，中国科学院有106个下属研究单位，科研人员24714人。到1975年时只剩下13个研究所、2个研究室和2000多名人员，其中有1800名干部或科研人员，200名后勤人员。在1975年，很多下放农村的科学家还没有回来。邓小平、华国锋派出胡耀邦、李昌担任中国科学院核心领导小组负责人，对中国科学院进行整顿，包括选拔新领导、恢复科学著作的出版。因此，对科学界的整顿是从中国科学院开始，随后扩大到其他研究机构的。
邓小平亲自决定由胡耀邦领导中国科学院的实际整顿工作。7月中旬，华国锋代表邓小平和党中央对胡耀邦说，党希望中国科学院在四个现代化中发挥重要作用。胡耀邦首先要对中国科学院进行摸底调查，把情况汇报给中央，然后搞一个整顿计划。中国科学院的整顿完成后，再整顿其他科研机构——隶属于国防部、分管经济的各部和地方政府的科研机构。之后要对学校和出版系统进行整顿。
胡耀邦率领一个三人小组，带着整顿的命令于7月18日来到中国科学院。他宣布，“文化大革命”在中国科学院已经结束，工宣队和军宣队都要离开，中科院过去被下放农村的人现在可以回到自己的单位重新工作。要让科研人员获得必要的研究文献，包括外文出版物。
几周之后，胡耀邦召开了有中国科学院人员和各主要部委代表参加的一系列会议，探讨中国在未来10年的科学技术需求。这些会议标志着向制定10年科学规划迈出的第一步。从8月15日到22日，胡耀邦又和相关的党委干部开会，讨论中国科学院的重建和主要领导人的选拔。他宣布，中国的目标是在20世纪末实现包括科学现代化在内的四个现代化。在整个9月份，胡耀邦与各研究所的领导开会，讨论如何克服他们工作中的具体障碍。在去各研究所之前，他全面研究了有关各所的材料，并与熟悉所内工作情况的人员交谈。
胡耀邦能够设身处地为受过罪的人着想，因为他和他们都是被迫害的幸存者。他十几岁便加入共产主义运动，不久后险些因某些有问题的社会关系而被判处死刑；“文革”期间，他在获准回京重新工作之前也受过迫害。恢复工作的科学家觉得能与他亲近，对他产生了信任感：这是一个理解他们苦难的人，因为他也受过苦。此外，经过认真研究，胡耀邦逐渐了解了各研究所存在的基本问题，他完全信任中国科学院的科学家团队。
他还帮助解决中科院人员的个人生活问题，例如改善他们的生活条件，把家属从农村调到北京。事实上，他指示各所的干部把全部下放农村劳动和“学习”的人员列出一份名单，绕开繁文缛节把他们调回来。他不怕替他们说话，为他们的事业出头。每次他在某个研究所讲话都会成为一件很轰动的事。他很快就成了中国科学家群体心目中的英雄。
9月26日，胡耀邦向邓小平汇报了中国科学院在拨乱反正、选拔新领导和恢复工作方面的进展，邓小平充分肯定了胡耀邦的工作。10月4日胡耀邦被正式任命为中国科学院“党的核心小组”第一副组长。他上任之后为各研究所任命了三套领导班子：一套管党，一套管业务，一套管后勤。他尊重专家，明确表示业务上的事由他们说了算。该年底邓小平受到批判时，胡耀邦正在为各研究所任命新的行政领导，政治气候一变，任命进程也随即停了下来。在制订中国科学院的整顿计划和为成立单独的中国社会科学院制订计划的同时，胡耀邦还根据邓小平的指示，着手制订了一个由中国科学院牵头的“十年科学规划”。由于仓促上马，胡耀邦主要利用了1956年批准的现成的“十二年规划”（1956～1967）。新规划的第一稿于8月11日完成，即胡耀邦召开一系列中科院研究所会议之前。
它肯定了新中国成立后前17年（1949～1966）取得的进步，在这个时期大约培养了15万名科技专家，但后来他们都被“四人帮”打成“资产阶级”科学家。文件的起草人为表明政治立场，引用了1962年毛泽东说过的中国要继续搞阶级斗争的话，但文件的重点是为促进“生产斗争和科学实验”提供稳定的工作条件。规划说明了当前农业、工业和国防急需的技术，也谈到了发展尖端技术的战略，如计算机、激光、遥感、仿生学以及在核能、粒子物理和其他领域的基础科学研究。邓小平在审阅文件时担心毛泽东的反应，他指示胡耀邦和其他起草人把分散引用的毛主席语录集中在一起，以清楚表明文件遵循了毛的总的观点。他对撰稿人说，要肯定前17年的成绩，同时要少谈后来的问题。邓小平还说，文件的篇幅也要压缩。
邓小平让胡乔木负责修订工作。胡乔木在8月26日给起草人写了一份有关邓小平的意见的说明，然后监督了修订工作，他希望最后的文件能够更符合毛的要求。9月2日完成的第四稿不再提前17年取得的科学进步，改为讲新中国成立后整个26年取得的科学进步，这样就避免了批评“文革”。文件宣布，要在2000年实现“毛主席提出的四个现代化”，赶上甚至超过世界科技水平。文件还说，科学工作者要继续自我改造，与工农相结合。行动部分具体说明了科学家要在基础研究方面带头开创新的基础科研领域，这是他们支持四个现代化的使命的一部分。报告最后宣布，为了实现毛主席的目标，需要大批受过高等教育的杰出科学家。文件指出，虽然不能说什么都是外国的好，但如果适合于中国，就要以开放的心态向外国人学习。
在9月26日讨论该报告的国务院会议上，胡耀邦讲话时，邓小平不断插话。胡耀邦讲到追上世界科技水平时，邓小平强调说，对中国目前的水平还是要谦虚一点，因为我国在科学技术上落后于其他国家太多。邓小平一再插话，反映了他要振兴中国科学的热情——他一再说，这是实现四个现代化的关键一步。邓小平强调，要支持真正优秀的少数科学家，不要在意他们性情怪僻。解决他们的住房和其他一些生活问题很重要：他们的孩子要送进好的托儿所，还在农村的配偶都应当允许调到北京。邓小平说，50年代他在苏联时就了解到，苏联原子弹的基础工作就是由三位只有三四十岁的年轻人完成的。邓小平批评说，相比之下我们并没有善待杰出的半导体专家黄昆，如果北京大学不用他，可以让他来半导体所当所长，给他配党委书记支持他的工作。
邓小平接着说，虽然他的法语和俄语说得都不好，但中国的科学工作者必须学习外语，以便能够阅读国外文献。他们也要学习科学理论，如果不懂数理化，不管有什么文凭都没有能力搞科研。他还替那些在“文革”中挨批但仍坚持做研究的科学工作者辩护，说他们“比占着茅坑不拉屎的人，比闹派性、拉后腿的人好得多”。
邓小平批评说，有些人甚至不敢提“专”字，在他看来，国家应当爱护自己的专家。中国要在工厂引进自动化，要支持能够从事这项工作的科技人员。他知道对“资产阶级知识分子”的批判仍在持续，因此强调说科技人员也是劳动者。他指示说，“十年科学规划”经过修改后要送交毛主席和政治局委员。邓小平很少像在这次科学会议上那样激动，他不但不时插话，而且大力主张科研必须在“四化”中起带头作用。但是他又认为，为了发挥这种带头作用，不必进行全面整顿。科技部门的4.5万名干部不需要像一些人建议的那样全部调动，只动其中的5000人就够了。关键是各级领导班子。那些一不懂行、二不热心做事的人，为什么还要保留他们的职位？为什么不能提拔知识水平高的人当研究机构的领导？挑战是艰巨的，关键要依靠40岁出头的科技人员和领导干部，以及那些年龄更大、在“文革”前受过教育的人。他说，在中国的教育系统中一些大学只有西方中学的水平，它所面对的危机将阻碍整个现代化工作。
胡乔木在9月28日把邓小平的讲话吸收进了第五稿。报告必不可少地歌颂了马列主义和毛泽东思想，但也大胆宣布政治理论不能代替科学。毛泽东第一次看到的就是这个第五稿。恰恰是在这时，毛泽东的侄子毛远新应毛泽东之邀来北京看望他。毛向侄子表示，他对邓小平及其在清华大学的整顿工作有意见。毛泽东对科学规划也很恼火。他的怒气集中在一句话上：“科学技术是生产力。”这是胡乔木在最后一稿加进去的。毛泽东坚信，他从来没有说过这种话。此时，邓小平发展社会科学的规划也有了成果。他本人很重视振兴自然科学，但他也同意要为哲学和社会科学注入新的活力。尽管这个领域深具政治敏感性，邓小平仍大胆提出，社会科学十分重要，需要成立一个单独的社会科学院。1975年8月30日，在邓小平的支持下，胡乔木起草了恢复中国科学院哲学和社会科学部的“国务院第142号令”。胡乔木在这个文件中提出成立一个独立的科学院的计划，此即后来的中国社会科学院。邓小平还宣布，社会科学研究机构要逐渐恢复出版专业刊物；为了给他们的工作打下理论基础，首先要办一个面向非专业读者的综合性刊物。为了减少受“四人帮”和毛泽东批评的风险，邓小平指示说，杂志采用的稿件一律送政研室审查，以避免一切有可能激怒激进派的言论。胡乔木在创办刊物的请示信中采取了预防措施，宣布刊物将遵循马列主义和毛泽东思想。
胡乔木在10月4日完成了有关哲学和社会科学工作的请示报告，邓小平在次日便把它送交毛泽东。毛在10月6日批准了文件，包括出版第一期新杂志《思想战线》，很快又召开了研究这个杂志的座谈会。但是10月25日邓小平在政治局会议上受到批评后，出版杂志的计划戛然而止，那些文章从未面世。胡乔木想继续落实这个计划，但政研室受到毛的压力，不得不在1976年1月17日宣布它不再承担指导哲学和社会科学的工作。恢复中国社会科学这项大事业还没有真正起步就流产了。
