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第二，1994年财税改革还有一条十分重要的经验，就是要把握住改革的方向，不去刻意追求一步到位、极其完美的改革。
应该说，税务总局一开始设计的是一个相当规范的市场经济下的税制：没有营业税，无论商品还是劳务，所有行业都征收增值税，而且是消费型增值税；企业所得税不管外资还是内资企业全部统一。1993年8月，镕基同志在北戴河研究税制和分税制改革方案时，这两个方案都碰到了很多问题，其中税制改革方案方面主要有以下三项：
一是关于增值税抵扣问题。原来的设计方案规定购买机器设备税款可以抵扣。但有意见提出，1993年上半年投资过热，通货膨胀严重，如果允许抵扣，会更加鼓励投资。现在加强宏观调控，限制投资是必不可少的。因此，购买机器设备的税款不能抵扣，增值税不能实行消费型，只能实行生产型。这个意见后来被采纳，原设计方案倒退了一步。
二是关于企业所得税统一问题。1994年以前，我国的企业所得税划分为国营企业所得税、集体企业所得税、私营企业所得税和外商投资企业所得税。这种按照经济性质划分所得税的制度，无法处理股份制企业的所得税问题，不利于公平竞争，跟市场经济改革方向不一致。当时税务局提出的建议是无论内资还是外资都合并成一个企业所得税。在讨论时，对合并内资企业所得税没有分歧，但对合并内外资企业所得税有不同意见。一种意见强烈主张，如果外资企业所得税不能优于内资，会妨碍引进外资战略的。在这种形势下，只好先统一内资企业的所得税，内外资企业的则暂时不统一，而且还要把内资企业所得税税率设计的相对高些、连工资也不能全部在税前列支。在内外资企业两套所得税税法下，内外资企业所得税税负水平相差一半。
三是关于保留服务业的营业税问题。营业税重复征税，税负重，出口不退税，绝不是一个好的税种。最初方案设计的也没有营业税，而是所有行业都征收增值税。但后来讨论分税制方案时，如果把原有的产品税和营业税都改成增值税，那地方政府的固定收入就会减少得过多。为了得到各省对分税制的认可和支持，1994年的财税改革实行分税制，税务人员正在监控增值税开票情况常委会在《关于惩治虚开、伪造和非法出售增值税专用发票犯罪的决定》里增设了虚开增值税发票罪，并且有死刑的量刑。
1997年3月这一条被增加进修订的《刑法》里。为了一个税种的管理，在刑法里增加一个死刑的种类，可见当时整个增值税工作形势的使分税制能够正常运行，只好继续对服务业征收营业税，并把营业税收入划给地方，以保证地方政府的固定收入中有一个较大规模并且随着经济发展可以持续增长的税种。这是当时服务业营业税没有列入改革而留在增值税外边的一个主要原因。
这三项可以说是1994年财税改革的遗留问题。因为当时各种制约条件，没有办法按照一个正常的、规范的税制一步改革到位。但从另一方面看，这也为税制进一步深化改革指明了方向，那就是解决好这三项遗留问题。
从1994年到2001年的实际情况是，财税部门在7年时间里根本没有时间和精力研究完善税制的问题。因为增值税刚一推出的几年里，由于税务机关当时还比较缺乏对纳税人使用增值税专用发票进行监控的有效手段，一些不法分子趁机利用伪造、倒卖、盗窃、虚开增值税专用发票等手段进行偷、逃、骗国家税款的违法犯罪活动，有的还相当猖獗，严重干扰了国家的税收秩序和经济秩序。1995年10月全国人大国家采取了许多办法去解决这一问题。在制度建设方面，国家决定引入现代化技术手段加强对增值税的监控管理。1994年2月，镕基同志在听取财政部、国家税务总局、电子部、航天工业总公司等单位的汇报后，指示要尽快实施以加强增值税管理为主要目标的“金税”
工程。当年下半年金税工程一期启动。到2001年，金税工程二期成功，这才真正控制住了增值税发票。后来岚清同志到税务总局视察时讲过这样一段话：增值税是个好税种，但是金税工程成功以前，我们就想过，这个好税种适不适合中国国情，会不会太超前了，因此我们现在还引不进这个东西。如果金税工程失败，增值税站不住，我们就得退回到过去的产品税。
现在看，金税工程成功了，增值税可以站住了。岚清同志所说的中央的这个考虑很重要，因为增值税是1994年财税制改革最主要的内容，分税制主要就是分增值税，如果增值税退回到产品税，那分税制也没有了，1994年的财税改革和分税制改革就会宣告失败。所以增值责同志协调这个问题，达成一个共识，即为购买机器设备税款抵扣设置一个前提，如果今年税收有增量，增加的部分可以抵扣；如果没有增量，可以先不抵扣，等有增量时，再抵扣。
这个办法从税制规范上说，并不是一个理想方案，但这样做可以减轻财政压力，可以获得地方政府同意增值税转型方案。这个政策实行以后，实际减收的数量大大低于当时测算的数量，一年来只减收50亿，在中央和地方财政可以承受的范围内。再加上税务局征收管理也没有出问题，更增强了中央和其他地方政府推进增值税转型的决心。经过中、西部两次扩大试点范围，从2009年1月1日起，消费型增值税在全国全面实行。从2003年算起，一共经历了6年时间。
第二，在2003年提出增值税转型的同时，合并内外资企业所得税问题也提了出来。由于一些原因，2007年才获全国人大审议通过，自2008年1月1日起施行。2009年开始收2008年的企业所得税，这又是5年时间。两税合并后，内资企业的所得税负担大幅度下降，内外资公平竞争的环境进一步改善。2009年推出的这两项税制改革，都是具有减税内涵的改革，对于中国率先走出国际金融危机具有积极的意义。
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