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第三，2009年以后，1994年财税改革遗留税的存亡不仅仅是一个财税问题，也绝不仅仅是一个经济问题，这是我们国家一个非常重大的政治问题。好在最后增值税控制住了，分税制也不必倒退了。
史鉴：1994年税制改革遗留了三个问题，即购买机器设备的税款不能抵扣增值税的问题；内资企业和外资企业所得税不统一的问题；营业税改增值税的问题。现在已经解决了哪些，有了那些进展？
许善达：因为当时各种制约条件，没有办法按照一个正常的、规范的税制一步改革到位，到2001年以后，财税部门才研究1994年要改没改的那些事。
第一，是增值税转型问题，即允许购进机器设备税款抵扣增值税。在生产型的增值税中，机器设备税款不能抵扣，这相当于不鼓励企业进行技术改造，与我国鼓励企业提高技术水平，增加科技含量的方针是有矛盾的，所以首先提出要实现增值税转型。2003年国家实施振兴东北老工业基地的战略。为支持东北工业改造，国家提出的政策中有一条就是增值税转型，即允许购进的机器设备税款抵扣。但允许抵扣，又不提高税率，必然会造成税收收入的减少。据当时东北三省一市测算，实施增值税转型后将减收300亿元。可见，解决好减收的问题已经成为政策能否顺利推出的重要因素。
为此，中央决定，中央财政减收的由中央承担；地方减收的部分，中央财政给予适当补贴。但地方一直希望中央能够补贴得更多一些。后来，财政部与东北三省一市的主要负的三个问题还剩下营业税改增值税的问题。关于这个问题早就有讨论，但实施起来有几个阻力。一是减收问题。营业税是地方税，增值税是中央和地方共享税，营业税改为增值税要减少地方政府的收入，地方愿不愿意，能不能承受。二是，取消营业税后，地方政府将失去一个随着经济发展而增长的税种，地方税体系失去主体税种。三是组织征收问题。营业税是由地税局负责征收，增值税归国税局征收。营业税改为增值税后，如果还由地税局征收，再建一套金税工程的成本很高；如果划给国税局征收，那地方政府是否愿意，地税局是否愿意。
另外，营改增后是否还按“七五二五”比例在中央和地方间分配也是讨论的一个主要问题。
当时意见达不成一致。但是，营改增又是十分必要的。“十一五”规划所有指标中只有“服务业增加值比重”“服务业就业比重”和“研究与试验发展经费支出占国内生产总值比重”
三项没有达标，其中服务业占据了三项里的两项。要促进服务业的发展，在财税改革上最必要的一件事情，就是要把营业税改成增值税。
这项改革的一个契机就是2009年上海根据国务院意见决定加快发展现代服务业和先进制造业，建设国际金融中心和国际航运中心。
而要建设“两个中心”，营业税改增值税是一个必要条件。在讨论中，关于组织问题，由于上海只有一个税务局，地税和国税合署办公，因此这个方面的问题不大；其他关于减收、分成等，也是争论比较大的问题。最后，时任上海市委书记的俞正声决定，减税完全由上海承担，不向中央要钱，但有一条，改的这部分增值税，不实行“七五二五”比例分成，都归地方所有。这个意见，因为照顾到中央和地方的利益，得到了国务院批准。自2012年1月1日起，在上海交通运输业和部分现代服务业率先开展了营业税改征增值税改革试点。改革后，政策的洼地效应很快就显示出来，相邻地区服务业的许多业务被吸引到上海，半年之内上海进入改革领域的新办企业就有两万多户。
上海的改革对加快营业税改增值税改革起到了很大的推动作用。全国陆续有一些地区给国务院打报告要求进行试点。这些地区主要有两类，一种是像北京这样的，虽然受上海“洼地”效应影响不大，但因其服务业基础相对较好，期冀获得上海这样的好处；另一种是江苏、浙江、安徽等上海周边地区，由于上海的洼地效应利益受损，希望改革后能够将洼地填平。虽然营业税改增值税改革取得一定积极进展，但由于其对中央与地方间的关系以及地方与地方间的关系都有较大的影响，触动的利益范围较广，改革全面推开还需假以时日。
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