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南京大屠杀是日本侵华战争与第二次世界大战中最重大、最血腥野蛮的战争暴行，东京“远东国际军事法庭”对其审判格外重视。为查清南京大屠杀事实真相，东京“远东国际军事法庭”专门设立了一个独立的单元进行法庭调查。“远东国际军事法庭”的首席检察官季南为了获得足够的有力证据，在审讯前期，于1946年5月30日下令，派遣美国检察官大卫·纳尔逊·萨顿（David Nelson Sutton）、中国检察官助理裘劭恒等人，专程前往南京，为南京大屠杀案的审判实地取证。1946年6月4日，萨顿一行到达南京。他们得到了中国政府与南京民众的大力支持与帮助。萨顿一行在南京会见了中国政府行政院副院长翁文灏等有关官员，找到了多名南京大屠杀的幸存者及中外目击者。萨顿一行在南京获得了大量的人证与物证。1946年6月8日，他们带着南京大屠杀的幸存者代表尚德义、伍长德、陈福宝，以及南京大屠杀的目击者代表、金陵大学历史系美籍教授贝德士（Miner Searle Bates）、南京基督教青年会秘书长乔治·费奇（George Ashmore Fitch）、红十字会南京分会会长许传音等人，于6月12日飞回东京。不久，南京鼓楼医院的美籍医生威尔逊、南京德胜教堂美籍牧师马吉也作为南京大屠杀的证人，应召前往东京。
1946年7月下旬，“远东国际军事法庭”开庭审理南京大屠杀案，由检察方面提出与宣读了多项书面证据。南京的受害居民、南京大屠杀的幸存者与战时驻南京的西方侨民的代表以证人的身份到法庭上作证。
“远东国际军事法庭”在对南京大屠杀案进行调查与审讯期间，还依法对日方证人多田俊、桥本欣五郎、伊藤信文等进行了调查与质证，听取了被告松井石根、武藤章的证词与回答质证，以及被告证人中村三夫、饭沼守、冈田尚、日高信六郎等的证词与回答质证。
在东京“远东国际军事法庭”对日本甲级战犯审判的同时，中国国民政府依据盟国发布的一系列宣言、决定、通告的精神，特别是《波茨坦公告》的原则，在南京等地成立“审判战犯军事法庭”，开展对日本乙、丙级战犯的调查与审判工作。无疑，南京“审判战犯军事法庭”审理的案件中，以对指挥南京大屠杀案的乙级罪犯、日军第六师团长谷寿夫和在南京进行杀人比赛的野田毅、向井敏明以及田中军吉这三名丙级战犯的审理，最为引人注目，也最为重要。南京“审判战犯军事法庭”进行了认真调查与依法审理，作出庄严的判决，严正指出：“日本军阀以我首都为抗战中心，遂纠集其精锐而凶残之第六师团谷寿夫部队、第十六师团中岛部队、第十八师团牛岛部队、第一一四师团末松部队等，在松井石根大将指挥之下，合力会攻，并以遭遇我军坚强抵抗，忿恨之余，乃于城陷后，作有计划之屠杀，以示报复。由谷寿夫所率之第六师团任前锋，于二十六年十二月十二日（即农历十一月十日）傍晚，攻陷中华门，先头部队用绳索攀垣而入，即开始屠杀。翌晨复率大军进城，与中岛、牛岛、末松等部队，分窜京市各区，展开大规模屠杀，继以焚烧奸掠。”法庭查证：日军在南京大屠杀中，大规模集体屠杀有28案，屠杀19万多人；零星屠杀有858案，屠杀约15万多人，“被害总数达三十万人以上”。南京“审判战犯军事法庭”依法判决谷寿夫等罪犯死刑。
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