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与南京“审判战犯军事法庭”对南京大屠杀案的审判相比，东京“远东国际军事法庭”则历时更长。在审判中，罪犯松井石根等人进行了无耻的诡辩，拒不认罪。他竟把日本的侵华战争说成是“兄弟之争”，是“哥哥教训不听话的弟弟”，是“爱的战争”等。他说：“我总是坚信中日两国之间的冲突是所谓‘亚洲家庭’兄弟间的争吵。……这就像是兄长在长时间忍耐后痛打其年轻而又桀骜不驯的弟弟一样。这一行动是使中国恢复理智，不是出于仇恨而是出于爱。”对于他指挥的南京大屠杀，他则声称：“尽管我在南京之战中小心谨慎，但在当时忙乱的情况下，可能有一些冲动的官兵干了一些令人不愉快的暴行。事后，对于听说的士兵的不良行为我感到非常遗憾和难过。攻占南京时，我正卧病在140英里外的苏州，根本不知道士兵违背我的命令所犯下的这些暴行，也没听到任何有关的报告。”他攻击法庭检察官对他的起诉与证人对他的控诉，说：“我对于起诉方文件中所说的‘南京之战中的有计划的屠杀’之说不敢苟同。很显然，文件中所说的‘关于日军下令，并放任屠杀的行为’只能是诽谤。”松井石根的这些诡辩与推脱不堪一驳，甚至成为笑料和他新的罪状。而日方的辩护律师有许多人明确知道历史真相，因而几乎没有做出什么像样的辩护。如辩护律师泷川政次郎，战时在北平就听说了南京大屠杀，他在1938年夏到南京时，特地坐黄包车在市区内兜了一圈，时间已过去半年，南京市内依然随处是被烧毁的民房。黄包车夫告诉他，这都是日本兵烧的。车夫还说，南京市的女人几乎都被强暴过。所以，日方辩护律师们采取的方式是，放弃对日军暴行的辩护，而把重点放在作为方面军最高指挥官的松井石根大将应不应该为部下的行为负责、以及负责到何种程度上。日本辩护方提出的物证，是当时由西方侨民设立的“安全区国际委员会”写给日军的“感谢信”，内容是感谢他们没有炮击难民区，以及赠给为难民区运送粮食的日本兵个人的礼物。这几份证据无法推翻控方提出的日军南京大屠杀的大量证人和证词。
在审判期间，日本的报纸遵照占领军最高司令部（GHQ）的指示，几乎每天都以当时只有4个版面的一半左右来报道东京审判。绝大多数日本人是通过这次审判，才知道了那场以天皇制下的军阀为中心，财阀、官僚、媒体和右翼一起操作的战争到底是怎么回事，知道了南京大屠杀，知道了日本侵略军的残暴。东京审判允许一般人旁听。审判开始后，每周一般有1500名日本人和450名盟国人士参加旁听，而在法庭开始审理南京大屠杀案件时，参加旁听的日本人增加到了2000人以上，这说明了日本人对该事件的关心程度。从日本人的立场来说，他们很希望能够推翻检察方的指控，但事实使很多日本人失望。
东京“远东国际军事法庭”经两年多时间开庭审问与调查后，于1948年11月4日，由“远东国际军事法庭”庭长韦勃宣读了长达1218页的判决书，列数了日本战犯在南京及在中国和亚洲其它地方犯下的战争罪行，对日本军国主义的侵略战争罪行作出了庄严的判决。其中，对日军南京大屠杀罪行的判决是：“在占领后的第一个月中，南京市内发生了两万起左右的强奸事件……纵火行为持续了六个星期，三分之一的南京因此变成废墟……在日军占领后最初六个星期内，南京及其附近被屠杀的平民和俘虏，总数达二十万人以上。这种估计并不夸张，这由掩埋队及其他团体所埋尸体达十五万五千人的事实就可以证明了。根据这些团体的报告说，尸体大多数是被反绑着两手的。这个数字还没有将被日军抛尸入江，或以其他方式处理的尸体计算在内。”“远东国际军事法庭”于这一天判决东条英机、广田弘毅、土肥原贤二、板垣征四郎、木村兵大郎，以及南京大屠杀的罪魁祸首松井石根、武藤章以死刑，于1948年12月22日在东京巢鸭监狱将他们执行绞刑。远东国际军事法庭从国际法的高度，确认了侵华日军南京大屠杀的罪行。
东京“远东国际军事法庭”与南京“审判战犯军事法庭”对南京大屠杀案的审判，代表了中国人民和世界人民的意愿，平抑了无数的中国死难者与幸存者的冤愤之气，具有不容置疑的正义性和权威性。它们用法律的形式，将日本法西斯战争罪犯永远钉在了历史的耻辱柱上。经严格的审判所确认的日军南京大屠杀，杀害中国已放下武器的战俘与手无寸铁的平民30万人以上，成为历史的铁案。
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