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南京大屠殺是日本侵華戰爭與第二次世界大戰中最重大、最血腥野蠻的戰爭暴行，東京“遠東國際軍事法庭”對其審判格外重視。為查清南京大屠殺事實真相，東京“遠東國際軍事法庭”專門設立了一個獨立的單元進行法庭調查。“遠東國際軍事法庭”的首席檢察官季南為了獲得足夠的有力証據，在審訊前期，於1946年5月30日下令，派遣美國檢察官大衛·納爾遜·薩頓（David Nelson Sutton）、中國檢察官助理裘劭恆等人，專程前往南京，為南京大屠殺案的審判實地取証。1946年6月4日，薩頓一行到達南京。他們得到了中國政府與南京民眾的大力支持與幫助。薩頓一行在南京會見了中國政府行政院副院長翁文灝等有關官員，找到了多名南京大屠殺的幸存者及中外目擊者。薩頓一行在南京獲得了大量的人証與物証。1946年6月8日，他們帶著南京大屠殺的幸存者代表尚德義、伍長德、陳福寶，以及南京大屠殺的目擊者代表、金陵大學歷史系美籍教授貝德士（Miner Searle Bates）、南京基督教青年會秘書長喬治·費奇（George Ashmore Fitch）、紅十字會南京分會會長許傳音等人，於6月12日飛回東京。不久，南京鼓樓醫院的美籍醫生威爾遜、南京德勝教堂美籍牧師馬吉也作為南京大屠殺的証人，應召前往東京。
1946年7月下旬，“遠東國際軍事法庭”開庭審理南京大屠殺案，由檢察方面提出與宣讀了多項書面証據。南京的受害居民、南京大屠殺的幸存者與戰時駐南京的西方僑民的代表以証人的身份到法庭上作証。
“遠東國際軍事法庭”在對南京大屠殺案進行調查與審訊期間，還依法對日方証人多田俊、橋本欣五郎、伊藤信文等進行了調查與質証，聽取了被告鬆井石根、武藤章的証詞與回答質証，以及被告証人中村三夫、飯沼守、岡田尚、日高信六郎等的証詞與回答質証。
在東京“遠東國際軍事法庭”對日本甲級戰犯審判的同時，中國國民政府依據盟國發布的一系列宣言、決定、通告的精神，特別是《波茨坦公告》的原則，在南京等地成立“審判戰犯軍事法庭”，開展對日本乙、丙級戰犯的調查與審判工作。無疑，南京“審判戰犯軍事法庭”審理的案件中，以對指揮南京大屠殺案的乙級罪犯、日軍第六師團長谷壽夫和在南京進行殺人比賽的野田毅、向井敏明以及田中軍吉這三名丙級戰犯的審理，最為引人注目，也最為重要。南京“審判戰犯軍事法庭”進行了認真調查與依法審理，作出庄嚴的判決，嚴正指出：“日本軍閥以我首都為抗戰中心，遂糾集其精銳而凶殘之第六師團谷壽夫部隊、第十六師團中島部隊、第十八師團牛島部隊、第一一四師團末鬆部隊等，在鬆井石根大將指揮之下，合力會攻，並以遭遇我軍堅強抵抗，忿恨之余，乃於城陷后，作有計劃之屠殺，以示報復。由谷壽夫所率之第六師團任前鋒，於二十六年十二月十二日（即農歷十一月十日）傍晚，攻陷中華門，先頭部隊用繩索攀垣而入，即開始屠殺。翌晨復率大軍進城，與中島、牛島、末鬆等部隊，分竄京市各區，展開大規模屠殺，繼以焚燒奸掠。”法庭查証：日軍在南京大屠殺中，大規模集體屠殺有28案，屠殺19萬多人﹔零星屠殺有858案，屠殺約15萬多人，“被害總數達三十萬人以上”。南京“審判戰犯軍事法庭”依法判決谷壽夫等罪犯死刑。
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