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第二，1994年財稅改革還有一條十分重要的經驗，就是要把握住改革的方向，不去刻意追求一步到位、極其完美的改革。
應該說，稅務總局一開始設計的是一個相當規范的市場經濟下的稅制：沒有營業稅，無論商品還是勞務，所有行業都征收增值稅，而且是消費型增值稅﹔企業所得稅不管外資還是內資企業全部統一。1993年8月，镕基同志在北戴河研究稅制和分稅制改革方案時，這兩個方案都碰到了很多問題，其中稅制改革方案方面主要有以下三項：
一是關於增值稅抵扣問題。原來的設計方案規定購買機器設備稅款可以抵扣。但有意見提出，1993年上半年投資過熱，通貨膨脹嚴重，如果允許抵扣，會更加鼓勵投資。現在加強宏觀調控，限制投資是必不可少的。因此，購買機器設備的稅款不能抵扣，增值稅不能實行消費型，隻能實行生產型。這個意見后來被採納，原設計方案倒退了一步。
二是關於企業所得稅統一問題。1994年以前，我國的企業所得稅劃分為國營企業所得稅、集體企業所得稅、私營企業所得稅和外商投資企業所得稅。這種按照經濟性質劃分所得稅的制度，無法處理股份制企業的所得稅問題，不利於公平競爭，跟市場經濟改革方向不一致。當時稅務局提出的建議是無論內資還是外資都合並成一個企業所得稅。在討論時，對合並內資企業所得稅沒有分歧，但對合並內外資企業所得稅有不同意見。一種意見強烈主張，如果外資企業所得稅不能優於內資，會妨礙引進外資戰略的。在這種形勢下，隻好先統一內資企業的所得稅，內外資企業的則暫時不統一，而且還要把內資企業所得稅稅率設計的相對高些、連工資也不能全部在稅前列支。在內外資企業兩套所得稅稅法下，內外資企業所得稅稅負水平相差一半。
三是關於保留服務業的營業稅問題。營業稅重復征稅，稅負重，出口不退稅，絕不是一個好的稅種。最初方案設計的也沒有營業稅，而是所有行業都征收增值稅。但后來討論分稅制方案時，如果把原有的產品稅和營業稅都改成增值稅，那地方政府的固定收入就會減少得過多。為了得到各省對分稅制的認可和支持，1994年的財稅改革實行分稅制，稅務人員正在監控增值稅開票情況常委會在《關於懲治虛開、偽造和非法出售增值稅專用發票犯罪的決定》裡增設了虛開增值稅發票罪，並且有死刑的量刑。
1997年3月這一條被增加進修訂的《刑法》裡。為了一個稅種的管理，在刑法裡增加一個死刑的種類，可見當時整個增值稅工作形勢的使分稅制能夠正常運行，隻好繼續對服務業征收營業稅，並把營業稅收入劃給地方，以保証地方政府的固定收入中有一個較大規模並且隨著經濟發展可以持續增長的稅種。這是當時服務業營業稅沒有列入改革而留在增值稅外邊的一個主要原因。
這三項可以說是1994年財稅改革的遺留問題。因為當時各種制約條件，沒有辦法按照一個正常的、規范的稅制一步改革到位。但從另一方面看，這也為稅制進一步深化改革指明了方向，那就是解決好這三項遺留問題。
從1994年到2001年的實際情況是，財稅部門在7年時間裡根本沒有時間和精力研究完善稅制的問題。因為增值稅剛一推出的幾年裡，由於稅務機關當時還比較缺乏對納稅人使用增值稅專用發票進行監控的有效手段，一些不法分子趁機利用偽造、倒賣、盜竊、虛開增值稅專用發票等手段進行偷、逃、騙國家稅款的違法犯罪活動，有的還相當猖獗，嚴重干擾了國家的稅收秩序和經濟秩序。1995年10月全國人大國家採取了許多辦法去解決這一問題。在制度建設方面，國家決定引入現代化技術手段加強對增值稅的監控管理。1994年2月，镕基同志在聽取財政部、國家稅務總局、電子部、航天工業總公司等單位的匯報后，指示要盡快實施以加強增值稅管理為主要目標的“金稅”
工程。當年下半年金稅工程一期啟動。到2001年，金稅工程二期成功，這才真正控制住了增值稅發票。后來嵐清同志到稅務總局視察時講過這樣一段話：增值稅是個好稅種，但是金稅工程成功以前，我們就想過，這個好稅種適不適合中國國情，會不會太超前了，因此我們現在還引不進這個東西。如果金稅工程失敗，增值稅站不住，我們就得退回到過去的產品稅。
現在看，金稅工程成功了，增值稅可以站住了。嵐清同志所說的中央的這個考慮很重要，因為增值稅是1994年財稅制改革最主要的內容，分稅制主要就是分增值稅，如果增值稅退回到產品稅，那分稅制也沒有了，1994年的財稅改革和分稅制改革就會宣告失敗。所以增值責同志協調這個問題，達成一個共識，即為購買機器設備稅款抵扣設置一個前提，如果今年稅收有增量，增加的部分可以抵扣﹔如果沒有增量，可以先不抵扣，等有增量時，再抵扣。
這個辦法從稅制規范上說，並不是一個理想方案，但這樣做可以減輕財政壓力，可以獲得地方政府同意增值稅轉型方案。這個政策實行以后，實際減收的數量大大低於當時測算的數量，一年來隻減收50億，在中央和地方財政可以承受的范圍內。再加上稅務局征收管理也沒有出問題，更增強了中央和其他地方政府推進增值稅轉型的決心。經過中、西部兩次擴大試點范圍，從2009年1月1日起，消費型增值稅在全國全面實行。從2003年算起，一共經歷了6年時間。
第二，在2003年提出增值稅轉型的同時，合並內外資企業所得稅問題也提了出來。由於一些原因，2007年才獲全國人大審議通過，自2008年1月1日起施行。2009年開始收2008年的企業所得稅，這又是5年時間。兩稅合並后，內資企業的所得稅負擔大幅度下降，內外資公平競爭的環境進一步改善。2009年推出的這兩項稅制改革，都是具有減稅內涵的改革，對於中國率先走出國際金融危機具有積極的意義。
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