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第三，2009年以后，1994年財稅改革遺留稅的存亡不僅僅是一個財稅問題，也絕不僅僅是一個經濟問題，這是我們國家一個非常重大的政治問題。好在最后增值稅控制住了，分稅制也不必倒退了。
史鑒：1994年稅制改革遺留了三個問題，即購買機器設備的稅款不能抵扣增值稅的問題﹔內資企業和外資企業所得稅不統一的問題﹔營業稅改增值稅的問題。現在已經解決了哪些，有了那些進展？
許善達：因為當時各種制約條件，沒有辦法按照一個正常的、規范的稅制一步改革到位，到2001年以后，財稅部門才研究1994年要改沒改的那些事。
第一，是增值稅轉型問題，即允許購進機器設備稅款抵扣增值稅。在生產型的增值稅中，機器設備稅款不能抵扣，這相當於不鼓勵企業進行技術改造，與我國鼓勵企業提高技術水平，增加科技含量的方針是有矛盾的，所以首先提出要實現增值稅轉型。2003年國家實施振興東北老工業基地的戰略。為支持東北工業改造，國家提出的政策中有一條就是增值稅轉型，即允許購進的機器設備稅款抵扣。但允許抵扣，又不提高稅率，必然會造成稅收收入的減少。據當時東北三省一市測算，實施增值稅轉型后將減收300億元。可見，解決好減收的問題已經成為政策能否順利推出的重要因素。
為此，中央決定，中央財政減收的由中央承擔﹔地方減收的部分，中央財政給予適當補貼。但地方一直希望中央能夠補貼得更多一些。后來，財政部與東北三省一市的主要負的三個問題還剩下營業稅改增值稅的問題。關於這個問題早就有討論，但實施起來有幾個阻力。一是減收問題。營業稅是地方稅，增值稅是中央和地方共享稅，營業稅改為增值稅要減少地方政府的收入，地方願不願意，能不能承受。二是，取消營業稅后，地方政府將失去一個隨著經濟發展而增長的稅種，地方稅體系失去主體稅種。三是組織征收問題。營業稅是由地稅局負責征收，增值稅歸國稅局征收。營業稅改為增值稅后，如果還由地稅局征收，再建一套金稅工程的成本很高﹔如果劃給國稅局征收，那地方政府是否願意，地稅局是否願意。
另外，營改增后是否還按“七五二五”比例在中央和地方間分配也是討論的一個主要問題。
當時意見達不成一致。但是，營改增又是十分必要的。“十一五”規劃所有指標中隻有“服務業增加值比重”“服務業就業比重”和“研究與試驗發展經費支出佔國內生產總值比重”
三項沒有達標，其中服務業佔據了三項裡的兩項。要促進服務業的發展，在財稅改革上最必要的一件事情，就是要把營業稅改成增值稅。
這項改革的一個契機就是2009年上海根據國務院意見決定加快發展現代服務業和先進制造業，建設國際金融中心和國際航運中心。
而要建設“兩個中心”，營業稅改增值稅是一個必要條件。在討論中，關於組織問題，由於上海隻有一個稅務局，地稅和國稅合署辦公，因此這個方面的問題不大﹔其他關於減收、分成等，也是爭論比較大的問題。最后，時任上海市委書記的俞正聲決定，減稅完全由上海承擔，不向中央要錢，但有一條，改的這部分增值稅，不實行“七五二五”比例分成，都歸地方所有。這個意見，因為照顧到中央和地方的利益，得到了國務院批准。自2012年1月1日起，在上海交通運輸業和部分現代服務業率先開展了營業稅改征增值稅改革試點。改革后，政策的窪地效應很快就顯示出來，相鄰地區服務業的許多業務被吸引到上海，半年之內上海進入改革領域的新辦企業就有兩萬多戶。
上海的改革對加快營業稅改增值稅改革起到了很大的推動作用。全國陸續有一些地區給國務院打報告要求進行試點。這些地區主要有兩類，一種是像北京這樣的，雖然受上海“窪地”效應影響不大，但因其服務業基礎相對較好，期冀獲得上海這樣的好處﹔另一種是江蘇、浙江、安徽等上海周邊地區，由於上海的窪地效應利益受損，希望改革后能夠將窪地填平。雖然營業稅改增值稅改革取得一定積極進展，但由於其對中央與地方間的關系以及地方與地方間的關系都有較大的影響，觸動的利益范圍較廣，改革全面推開還需假以時日。
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